국세청은 오는 11월로 예정된 종합부동산세 정기고지에 앞서 합산배제 및 과세특례 부동산을 반영하기 위해 23만여명에게 신고 안내문을 발송했다고 14일 밝혔다.

‘합산배제 신고’란 일정요건에 해당하는 주택이나 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하도록 신고하는 것을 말한다.

합산배제 대상 임대주택 등 보유자와 과세특례 적용대상인 향교재단 등은 해당 사항을 오는 16일부터 10월 5일까지 납세지 관할세무서에 신고해야 한다.

종부세 합산배제 신고기간은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지였지만 올해는 추석연휴로 인해 신고기한이 10월 5일까지 연장됐다.

신고한 물건은 11월 종합부동산세 정기고지 시 과세대상에서 제외되거나 실질 소유자인 개별단체에게 부과된다.

한편 올해 개정된 ‘종합부동산세법’은 내년 귀속(2021년 11월 부과)분부터 적용된다.

합산배제 신고대상은 전용면적 및 공시가격 등 요건을 갖춘 임대주택, 사원용 주택 등(기숙사, 미분양 주택 포함)과 주택건설 사업자가 주택 건설을 위해 취득한 토지다.

과세특례 신고대상은 실질적으로 개별 향교 및 개별 종교단체가 소유한 부동산이지만 명의는 향교재단 및 종교단체로 등기된 부동산으로, 개별단체를 실질 소유자로 신고하면 해당 부동산은 향교재단 등의 과세대상에서 제외하고 신고된 개별단체에게 종부세를 부과하게 된다. 이 때 신고는 향교재단 등에서 일괄로 신고하면 되고, 개별단체는 별도로 신고할 필요가 없다.

기존에 합산배제 신고서를 제출한 사실이 있는 납세자는 과세대상 물건에 변동사항(소유권·면적)이 있는 경우 10월 5일까지 변동내역을 반영해 합산배제 신고를 해야 하며, 기존 신고내용에 변동사항이 없는 경우에는 별도로 신고할 필요가 없다.

다만 임대사업 등록을 자진 말소했거나 5%를 초과해 임대료를 갱신하는 등 합산배제 적용요건을 위반한 경우 합산배제 대상에서 제외하는 신고서를 제출해야 한다.

지난해와 달라진 점은 올해는 합산배제 임대주택의 임대료 증액제한 요건과 위반 시 추징범위가 명확하게 규정됐다.

임대계약 체결 또는 임대료 증액 후 1년 이내 재증액이 불가하며, 임대보증금과 월 임대료 간 전환은 ‘민간임대주택법’ 등을 준용한다.

임대료 증액제한 요건 위반 시 위반한 연도와 그 다음연도 등 총 2년간 합산배제에서 제외하며, 과거 합산배제로 경감된 세액이 있는 경우 해당 세액과 이자상당가산액이 추징된다.

다만 임대주택별 최소 임대의무기간(5년·8년)을 경과해 증액제한을 위반한 경우 해당연도와 그 다음연도만 해당주택을 합산해 과세하며 과거 합산배제로 경감된 세액은 추징하지 않는다.

또 상속으로 인해 피상속인이 합산배제를 적용받던 임대주택을 상속인이 계속 임대하는 경우와 관련 법령에 따라 당초 합산배제 적용받던 임대주택이 멸실된 후 새로운 주택을 취득하게 된 경우 등의 장기일반민간임대주택은 조정대상지역 내 소재 여부와 관계없이 합산배제가 가능하다.

한편 ‘민간임대주택에 관한 특별법’ 개정으로 단기 및 아파트 장기일반민간임대주택 유형이 폐지됨에 따라 의무임대기간 경과 시 임대사업자 등록이 자동 말소된다.

다만 종합부동산세 합산배제는 과세기준일(6월 1일)로 임대사업자 등록여부를 적용하므로 개정법률 시행(2020년 8월 18일) 이후 주택임대사업자 등록이 말소되었더라도 2020년 6월 1일 현재 임대사업자 등록이 유효하다면 올해까지는 합산배제 적용이 가능하다.

또한 과세기준일 현재 실제 주택을 임대하고 있는 경우, 합산배제 신고기간 종료일까지 지자체와 세무서에 임대사업자 등록을 하면 합산배제를 적용받을 수 있다.

다만 아파트의 경우 현재 지자체 임대사업 등록이 불가능하므로 기존 임대사업 등록이 되어있지 않다면 합산배제를 적용받을 수 없다.

홈택스를 이용해 전자신고할 경우에는 합산배제 신고에 필요한 부동산 명세를 조회하고 내려받을 수 있으며 미리채움 서비스를 활용해 보다 쉽게 전자신고 할 수 있다.

서면으로 신고하는 경우 국세청 누리집(www.nts.go.kr) 또는 세무서에서 신고서식을 제공받아 작성하면 된다.

궁금한 사항은 국세청 누리집(www.nts.go.kr 성실신고지원>종합부동산세>상세정보>세액계산 및 신고안내 동영상)에 게시된 ‘합산배제 신고안내 동영상’ 또는 ‘홈택스 사용자 매뉴얼’을 참조하거나 합산배제 안내문에 기재된 각 세무서 담당자 또는 국세청 국세상담센터에 문의하면 안내받을 수 있다.

국세청은 합산배제 적용을 받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감 받은 세액과 이자상당가산액을 추가 납부해야하므로 법령요건을 확인한 후 신고할 것을 당부했다.