정부는 29일 오후 3시 세종로 정부청사 별관에서 김경한 법무부장관, 원세훈 행정안전부장관, 유인촌 문화체육관광부장관, 이영희 노동부 장관과 조중표 국무총리실장이 참석한 긴급 대국민담화를 갖고, "과격·폭력시위를 조장·선동한 자나 극렬 폭력행위자를 끝까지 추적·검거해 엄정하게 사법 조치할 방침"이라며 "파괴된 기물 등으로 인한 피해에 대해서는 민사상의 손해배상도 청구하겠다"고 밝혔다.  

김 장관이 낭독한 정부 담화문은 "초반의 평화적이었던 촛불집회가 소수 주도의과격·폭력시위, 조직적 깃발시위로 변해가면서 급기야 어젯밤(28∼29일)과 같은 불행한 일이 발생했다"며 먼저 우려를 표명했다.  

이어 "민주노총은 다음주 수요일, 근로조건과 전혀 관계없는 정치적 목적의 파업을 예고하고 미 쇠고기 운송·출하저지를 위한 불법 집단행동에 들어갔다"며 "민주노총의 총파업과 불법 집단행동에 대해서도 반드시 책임을 물을 것"이라고 밝혔다.

정부는 전날 시위와 관련, "일부 시위대가 쇠파이프와 망치로 경찰버스를 부수고 쇠줄까지 사용해 경찰버스의 탈취와 전복을 시도했다. 나아가 새총과 쇠파이프로 전경을 공격하는 일까지 발생했다"며 "이런 불상사가 발생한 데 대해 깊은 유감의 뜻을 표하며 크고 작게 부상한분들께 위로의 말씀을 드린다"며, "(만일) 사태가 재발한다면 일반시민들의 안전도 위협 받을 수밖에 없기에 이런 사태는 절대로 막아야 하며, 정부로서는 물리적 충돌에 의한 불행한 사고를 막기 위해서라도 불가피하게 최루액 살포 등 법에 따른 강력한 대응을 할 수밖에 없다"고 강조했다.

정부는 또 "그동안 미국산 쇠고기 수입과 관련해 추가협상에 최선을 다했고 미국산 쇠고기 수입과 관련해서 국민 여러분이 그 동안 정부에 요구했던 사항들도 대부분 반영됐다"며 "그럼에도 시위는 계속되고 있고 시위의 목소리는 당초 주장과 상당히 달라지고 있으며 쇠고기 문제를 떠나 정부의 정당한 정책수행을 반대하고 정부의 정체성까지 부인하고 있다"고 개탄했다.

한편 정부는 "전 세계가 유가급등으로 위기에 몰려있고 특히 우리 경제도 어려운 상황에서 불법 폭력시위가 계속될 경우 누가 우리나라에 믿고 투자하겠느냐"며, "이제는 우리 모두가 경제적 어려움을 슬기롭게 극복하는 데 역량을 모아나가야 할 때"로 "법을 지키는 가운데 자기주장을 펼치는 성숙한 시민의식 보여주실 것을 부탁드린다"고 당부했다.