참여연대는 2005년 해군이 제주 화순항 해군기지 건설계획을 발표한 이래 제주 해군기지 건설이 내용적으로는 평화의 섬 정책에 역행하고 군사전략적 관점에서도 부적합하며 민주적 여론수렴 과정에 있어서도 제주도민의 동의를 거치지 않았다는 점을 근거로 제주 해군기지 건설 반대의 입장을 분명히 해왔다. 참여연대는 또한 제주 해군기지가 건설되면 이지스급 구축함(KDX-3) 도입 등으로 한반도 방위를 넘어서 이른바 대양해군을 지향하는 해군의 군사력 팽창 정책에 일조함으로써 동북아 평화 및 긴장완화에 부정적인 영향을 미칠 것으로 분석하고 있다.
이에 참여연대는 제주 해군기지 건설계획에 대한 국방부의 공식 입장과 견해를 확인하고자 공개 질의서를 발송하였다.
참여연대가 국방부에 질의한 주요사항은 1. ‘세계평화의 섬’ 위상과 해군기지 양립의 문제에서 비무장을 핵심내용으로 하는 평화의 섬, 제주에 해군기지를 건설하게 된 배경과 입장 2. 해군기지 입지조건 및 군사전략적 관점에서 이지스급 구축함(KDX-3)도입과 제주도 실전배치가 해양수송로 보호에 필요한 것이지 여부와 국제법과의 저촉 문제 3. 미국의 세계군사전략 재편과 MD체제 편입과의 연관성 4. 해군 측의 제주 해군기지 건설 추진 절차 및 과정상의 문제점 5. 토양 및 해양(저)오염 등을 비롯한 환경오염 문제 등에 관련한 것이다.
아울러 참여연대는 해군 측이 11월말까지 제주 해군기지 후보지를 선정하겠다고 밝힌 것과 관련하여, 제주 도민들이 해군기지 건설 여부에 대한 결정을 내리지 않은 상태에서 기지건설을 강행해서는 안된다는 입장을 밝히고, 제주 해군기지 건설 관련하여 의견서를 발표할 계획이라고 밝혔다.
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